Portable UGENE — мощный анализатор последовательностей

Введение

Генетические исследования — увлекательная область науки. С появлением мощных цифровых инструментов она сделала уверенный шаг вперёд и открыла целый мир возможностей для будущего развития. Программа Portable UGENE предназначена для обеспечения профессионалов мощным инструментом для анализа генетических последовательностей.

Функционал программы

Программа может применяться для различных задач: от проектирования ПЦР до анализа аминокислотных последовательностей и идентичных участков ДНК. Приложение также может вычислять и выделять сходства в выравнивании пар, используя алгоритмы Хиршберга или Смита-Уотермана.

Данные можно загружать из большинства типов специализированных контейнеров, включая документы FASTA, репозитории Genbank или необработанные файлы последовательностей. Кроме того, можно запросить конкретные образцы в базах данных NCBI по нуклеотидам или белкам Genbank. Другие поддерживаемые онлайн-поисковые системы — PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL и серверы DAS.

После загрузки файлов программа автоматически выделяет структурные различия, облегчая обнаружение мутаций или несоответствий. Используются цветовые коды и стандартные обозначения, а также генерируются графы генов, которые можно экспортировать в наиболее распространённые форматы изображений.

Другие функции, доступные исследователям, включают построение молекул из нескольких фрагментов, создание профилей HMM3, генерацию точечных графиков, а также анализ данных NGS и Sanger. Исследователи также могут создавать филогенетические деревья, адаптированные к потребностям текущего проекта и экспортируемые в формат SVG.

Одной из замечательных особенностей этой программы является возможность настройки различных функций, включая рабочий процесс. Доступно множество образцов, и пользователи могут настраивать все элементы, включая считыватели данных, факторы транскрипции или инструменты HMMER3. Кроме того, инструмент использует широкий спектр плагинов, которые могут ещё больше повысить эффективность анализа.

Portable UGENE представляет собой комплексный набор инструментов для биоинформатического анализа, способный удовлетворить даже самые взыскательные потребности профессиональных исследователей.

Плюсы программы

• Возможность применения для широкого спектра задач.
• Поддержка множества форматов данных.
• Автоматическое выделение структурных различий.
• Генерация графов генов и филогенетических деревьев.
• Настройка функций и рабочего процесса.

Похожие программы

Portable MuseScore

Создание и редактирование музыкальных партитур без установки.

The QURAN database

QURAN Database — цифровой Коран с настройками для религии и истории, доступный на английском и урду.

Portable Freeplane

Создание визуальных заметок с помощью приложенияplane

Gramps Portable

Программа для составления и дополнения генеалогического древа.

GeoGebra Portable

Визуализация сложных математических задач с GeoGebra Portable

States of Matter{:} Basics

Программа для изучения агрегатных состояний вещества

Morse Code Translator

Простое приложение для перевода текста между англ. языком и азбукой Морзе.

Gas Properties

Gas Properties — программа для изучения свойств газов и поведения молекул.

Portable TheSage English Dictionary and Thesaurus

Портативный словарь для изучения английского языка с множеством функций.

Workrave Portable

Workrave Portable предотвращает проблемы со здоровьем из-за долгой работы за ПК

Автор статьи: Аркадий Кузнецов