Cytoscape: инструмент для биологов

Программа Cytoscape позволяет визуализировать сети молекулярных взаимодействий и биологических путей, интегрируя их с аннотациями и данными о состоянии.

Интерфейс приложения хорошо структурирован и требует всего пары минут, чтобы разобраться в его расположении и функциях. Оно предлагает панель управления сетью, окно просмотра сети и браузер атрибутов, где можно легко изменять различные атрибуты. Вы можете загружать несколько сетей одновременно, анализировать и модифицировать их по своему усмотрению.

Cytoscape помогает определить, какие сети можно просмотреть, а какие нет, отображая их с помощью чёрных и красных выделений. Для больших сетей, которые можно просмотреть, вы можете изучить их структуру с высоты птичьего полёта. Таким образом, вы можете просто перемещаться по сети, чтобы просмотреть её узлы, и увеличивать масштаб для детального или общего обзора.

Приложение поддерживает системную биологию, геномику и протеомику. С его помощью можно загружать наборы данных о белок-белковых взаимодействиях в форматах Graph Markup Language, SBML, BioPAX, GraphML и Excel Workbook. Cytoscape также может обрабатывать и анализировать большие социальные сети с межличностными отношениями, а также визуализировать данные Resource Description Framework.

Похожие программы

Qaltex

Qaltex — продвинутая программа для математических расчётов с минималистичным дизайном и множеством функций.

HPGL2CAD

Конвертируйте файлы HPGL, HP-GL и PLT в широко поддерживаемые форматы DWG и DXF с помощью HPGL2CAD.

TASSEL

TASSEL помогает изучать эволюционные закономерности, ассоциации признаков и неравновесие по сцеплению.

RedCrab

RedCrab позволяет наглядно выразить любое количество сложных уравнений и математических выражений.

Elshayal Smart GIS

Smart GIS позволяет легко работать с растровыми изображениями: измерять расстояния, создавать новые слои, выравнивать из...

3D Slicer

Универсальное ПО 3D Slicer для визуализации и анализа медицинских данных

Shannon Entropy Calculator

Простой графический интерфейс позволяет легко рассчитать энтропию Шеннона.

CADopia Standard

Профессиональное приложение для создания, редактирования и просмотра чертежей в формате DWG.

SpinFire

Платформа для визуализации данных САПР без установки дополнительных приложений

RouteConverter

Преобразование собранных GPS-данных в наглядный формат

Автор статьи: Аркадий Кузнецов