Jalview — программа для биологов и специалистов по биоинформатике

Jalview — это профессиональная программа, предназначенная для работы с множественными выравниваниями последовательностей. Она позволяет анализировать и редактировать выравнивания, а также просматривать их с помощью филогенетических деревьев и графиков анализа главных компонент (PCA). Программа поддерживает работу с молекулярными структурами и аннотациями.

Основные возможности

Программа основана на Java и использует Jmol для отображения трёхмерных структур и VARNA для визуализации вторичной структуры РНК. Jalview обладает широким набором функций, поэтому понимание принципов работы программы является обязательным.

В программе предусмотрена поддержка справочного руководства, содержащего подробную информацию о возможностях инструмента, и онлайн-видеоуроков. Несколько плавающих окон интегрированы в основную панель, что позволяет работать с несколькими инструментами одновременно. Вы можете закрыть некоторые из них, свернуть или развернуть. Текущий проект можно сохранить в формате JAR-файла, чтобы продолжить редактирование данных в будущем.

Вы можете просматривать одно и то же выравнивание разными способами одновременно, например, изменять порядок, цвет, скрытые строки и столбцы. Режим просмотра в виде дерева можно открыть при расчёте дерева на основе выравнивания или его импорте через файл или веб-сервис. Он полезен для выполнения различных операций выбора и окрашивания связанных последовательностей в выравнивании.

Инструмент может импортировать или экспортировать данные в форматах Fasta, GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file, NBRF/PIR или Pfam/Stockholm. Программа способна читать цветные и аннотированные выравнивания и деревья из формата JAR-файлов, а представление выравнивания можно распечатать или сохранить в форматах HTML, PNG или EPS.

Jalview предоставляет возможность изменять выравнивания путём вставки или удаления пробелов с помощью щелчков мыши и комбинаций горячих клавиш. Также поддерживается режим курсора, который облегчает редактирование с клавиатуры. Пробел и клавиши удаления используются для добавления и удаления пробелов в текущих позициях редактирования.

Кроме того, вы можете копировать, вставлять, вырезать или удалять последовательности, отменять или повторять действия, обрезать выравнивание слева или справа от текущего столбца, удалять столбцы внутри выравнивания, которые содержат только пробельные символы, удалять все пробелы из выравнивания, а также ограничивать режим редактирования выбранной областью.

Jalview включает цветовые схемы для последовательностей на основе нуклеиновых кислот, может извлекать последовательности из RFAM и раскрашивать вторичную структуру РНК, а также раскрашивать части последовательности на основе характеристик последовательности, которые могут быть импортированы из записей базы данных (например, Uniprot) или считаны из файла.

Можно использовать различные веб-сервисы, такие как Sequence Fetcher для поиска последовательностей, выравниваний и структур, предоставляемый Европейским институтом биоинформатики (EBI), DAS Feature Fetcher (поиск и визуализация объектов из источников аннотации DAS) и Database Reference Fetcher (переносит ссылки на базу данных из записей, доступных в DAS).

Расчёты помогают сортировать выравнивания, генерировать деревья, применять анализ главных компонентов, извлекать данные, используемые для расчёта дерева или графика PCA, применяя попарное выравнивание к выбранным последовательностям и удаляя избыточные данные.

Таким образом, Jalview представляет собой мощный инструмент с широким набором параметров, помогающий анализировать множественные выравнивания последовательностей, особенно полезный для профессионалов.

• Профессиональный инструмент для биологов и биоинформатиков.
• Поддержка работы с филогенетическими деревьями и графиками PCA.
• Импорт и экспорт данных в различных форматах.
• Возможность просмотра выравниваний разными способами.
• Интеграция с веб-сервисами для получения дополнительных данных.

Похожие программы

Hyperbolic Distance Calculator

«Гиперболический калькулятор расстояний» — программа для точных вычислений в области гиперболической геометрии.

PipeFitPro

PipeFitPro помогает детально работать с трубопроводами: нарезать и редактировать трубы, создавать трёхмерные модели.

PDFIn PDF to DWG Converter

Плагин для AutoCAD позволяет преобразовывать элементы PDF в чертежи. Простота использования и интуитивно понятный интерф...

AutoCAD Architecture

AutoCAD Architecture — профессиональное ПО для архитекторов и инженеров, создающее точные 3D модели.

GiD

Инструмент численного моделирования GiD для анализа и визуализации больших объёмов данных

Autodesk Navisworks Manage

Autodesk Navisworks Manage помогает легко управлять проектами, обеспечивая удобную навигацию и совместную работу над зад...

MultiplexCalc

Альтернатива стандартному калькулятору Windows для выполнения сложных вычислений.

Circular Diffraction Calculator

Круговой дифракционный калькулятор позволяет моделировать интерференцию на дифракционных решётках.

VariCAD Viewer

Программа для просмотра и изменения CAD-файлов

Dead Deer

Dead Deer — мощный инструмент для создания детализированных 3D моделей и их оживления через скрипты и анимацию.

Автор статьи: Аркадий Кузнецов